Căn cứ Nghị định số 29/2025/NĐ-CP ngày 24/02/2025 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính, ngày 26/02/2025, Bộ Tài chính đã ban hành Quyết định số 382/QĐ-BTC quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Hải quan trực thuộc Bộ Tài chính, có hiệu lực từ ngày 01/03/2025.

Tại cơ quan Cục Hải quan, tổ chức lại 16 Vụ, Cục và đơn vị tương đương thuộc Tổng cục Hải quan thành 12 đơn vị, bao gồm: Văn phòng, Ban Pháp chế, Ban Tổ chức cán bộ, Ban Thanh tra - Kiểm tra, Ban Tài vụ - Quản trị, Ban Giám sát quản lý về hải quan, Ban Nghiệp vụ thuế hải quan, Ban Quản lý rủi ro, Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan, Chi cục Kiểm định hải quan, Chi cục Điều tra chống buôn lậu và Chi cục Kiểm tra sau thông quan. Vị trí và chức năng của các đơn vị này cơ bản giữ nguyên. Các Ban thuộc Cục Hải quan có chức năng tham mưu, giúp Cục trưởng Cục Hải quan thực hiện nhiệm vụ. Các đơn vị có tư cách pháp nhân, con dấu, tài khoản tại Kho bạc Nhà nước gồm: Văn phòng, Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan, Chi cục Kiểm định hải quan, Chi cục Điều tra chống buôn lậu và Chi cục Kiểm tra sau thông quan. Về nhiệm vụ và quyền hạn, các đơn vị này tiếp tục thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn như hiện tại, đồng thời tiếp nhận thêm nhiệm vụ, quyền hạn của các đơn vị hợp nhất, sáp nhập.

Chi cục Hải quan khu vực được tổ chức lại từ 35 Cục Hải quan tỉnh, thành phố hiện nay, thành 20 Chi cục Hải quan khu vực, được đánh số thứ tự từ I đến XX. Các Chi cục này kế thừa vị trí, chức năng của Cục Hải quan tỉnh, thành phố hiện nay, trực thuộc Cục Hải quan, có chức năng giúp Cục trưởng Cục Hải quan quản lý nhà nước về hải quan và tổ chức thực thi pháp luật hải quan trên địa bàn hoạt động. Chi cục Hải quan khu vực có tư cách pháp nhân, con dấu, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật. Về cơ cấu tổ chức, mỗi Chi cục Hải quan khu vực có bình quân không quá tám đơn vị trực thuộc gồm Văn phòng, Phòng, Đội.

Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu được tổ chức lại từ các Chi cục Hải quan hiện nay, kế thừa vị trí, chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của các Chi cục Hải quan. Các đơn vị này có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật. Tổng số Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu sau khi tổ chức lại không quá 165 đơn vị.

Sau khi sắp xếp, tổ chức lại Tổng cục Hải quan thành Cục Hải quan, dự kiến giảm khoảng 485/902 đầu mối, tương ứng 53,77%.

Trên cơ sở quy định của Chính phủ và Bộ Tài chính, Cục Hải quan đang khẩn trương hoàn thiện, trình cấp có thẩm quyền ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan Hải quan các cấp thuộc cơ cấu tổ chức của Cục Hải quan. Trong thời gian này, thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh vẫn thực hiện theo các mã, địa điểm làm thủ tục hải quan đã được công bố trước đây (nay là Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu) và theo quy định tại Luật Hải quan và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan, đảm bảo không gián đoạn công việc, duy trì thông quan hàng hóa xuất nhập khẩu bình thường.